菲华博物馆的构想者,是人类学家、华人研究学家施振民先生(Chinbin See,1932年-1986年)。实际建立者,则是由洪玉华(Teresita Ang-See)共同创办的非营利组织“菲律宾爱华裔青年联合会”(Kaisa Para sa Kaunlaran, Inc.)。此会设立的宗旨是在促进菲律宾的华人和当地人能够产生更深层的交流,进而培养对于菲律宾的国家认同。
本馆的土地及建筑资金是由安杰洛国王基金会(Angelo King Foundation)所提供。而菲律宾华人社群更挹注额外的资金,使本馆更加完善。建于1996年,是由伊娃·帕纳摩拉(Eva Penamora)和已故建筑师洪拉多·费南德兹(Honrado Fernandez)所设计,并于1999年落成揭牌。