马尼拉第二航厦为菲律宾航线专属的航厦: 如要搭乘菲律宾航空班机的旅客,可使用这座航厦。大厅是ㄑ字型的,分别通往国内线和国际线。大厅中央有定额计程车的柜台,换币处就在海关前,这里只有一间银行提供换币服务,此银行为Philippine National Bank正是菲律宾航空陈总裁所开,也因为只有一间银行所以汇率就没得比较,不像第一航厦有六间银行可以参考。
如果要前往菲律宾其他地方,例如宿雾(CEB), 行程为TPE/MNL/CEB全程都是搭乘菲航, 可以先在桃园机场菲航柜台告知将行李直接挂到CEB, 这样抵达马尼拉机场第二航厦,查过护照後，到四号行李转盘旁边, 有一个DOMESTIC TRANSFER BAGGAGE(图片二)
