另一次是比利亚洛沃斯(Ruy Lopez de Villalobos 鲁伊·洛佩斯·德比利亚洛沃斯)带领的船队,于1543年在菲律宾登陆。正是比利亚洛沃斯以当时西班牙王储、后来成为国王的腓力二世(Philip II of Spain)的名字,命名了菲律宾群岛(西语 Las Filipinas 英语 Philippine Islands)。
西属东印度群岛(英语 Spanish East Indies 西语 Indias Orientales Espanolas),除菲律宾群岛以外,还包括西班牙占领的其它西南太平洋岛屿(Southwest Pacific islands)。行政区划上被称为菲律宾都督府(英语 Captaincy General of the Philippines 西语 Capitania General de Filipinas),隶属于新西班牙总督辖区(英语 Viceroyalty of New Spain 西语 Virreinato de Nueva Espana),也就是以墨西哥为中心的、西班牙在美洲的殖民地。所以尽管菲律宾都督府的行政首脑也叫总督(Governor-General),但还是比新西班牙总督的级别低。
马尼拉有人类定居的历史可追溯到在公元前 3000 年,到西班牙人登陆吕宋岛,当时在帕西格河(Pasig River)三角洲南部、也就是现在的西班牙王城(Intramuros)所在位置,存在一个伊斯兰化的政体、由拉贾(Rajah,或称酋长)统治的马尼拉拉贾国(Rajahnate of Maynila),它是文莱苏丹国(Sultanate of Brunei)的属国。