菲律宾在西班牙殖民时期用的是西班牙国旗,1896年反西班牙殖民社团卡蒂普南(Katipunan)在巴林塔瓦克(Balintawak)发起反西班牙殖民革命,并延烧至菲律宾的其他岛屿。卡蒂普南虽然于1897年解体,由甲米地(Cavite)地主阿奎纳多(Emilio Aguinaldo)所率领的势力继续领导革命进行,并于1897年11月1日宣布在控制区域成立“边那巴多共和国”(Republic of Biak-na-Bato)。不过在12月14日,阿奎纳多就与西班牙殖民政府议和,签订《边那巴多条约》(Pact ofBiak-na-Bato),解散革命政府,并流亡香港。