一年多后,美国国会重新起草了《菲律宾独立法(Tydings–McDuffie Act)》,该法案允许菲律宾经过十年过渡期后成为独立国家。根据该法案,《1935年菲律宾宪法》被颁布和成立菲律宾联邦(Commonwealth of the Philippines),同时菲律宾开启首次总统选举。菲律宾联邦是实现完全独立前的一个过渡政府,在此期间其外交事务仍由美国管理。老阿基诺继续担任参议员,并在其后被奎松总统任命为农业和商业部长。
日军入侵菲律宾后,老阿基诺作为菲律宾联邦的主要官员之一被日本政府招募,成为菲律宾唯一政党KALIBAPI的总干事。由 KALIBAPI 编写新宪法和建立新的国民议会,同时致力于宣扬日本政府的正当性。日本投降后,老阿基诺和前总统何塞·劳雷尔(Jose P. Laurel)在日本奈良被美国上校Colonel Turner逮捕,并以叛国罪送回菲律宾受审。但他几周后就得到了保释。一年后,他在马尼拉黎刹纪念体育馆观看拳击比赛时因心脏病发作去世,享年53岁。