1681年罗马教皇Innocent XI 宣布圣托马斯大学为公立综合性大学并允许授予其他学位。1785年,圣托马斯的师生们自愿保卫马尼拉,抵抗英国的侵略,因而西班牙国王Charles III授予该校”皇家大学”的称号。1865年西班牙女王Isabella II下令圣托马斯大学拥有督导菲律宾其他所有学校的权力,大学校长成为菲律宾的高等教育主管。菲律宾所有学校需经过圣托马斯大学校长的核准方可颁发的毕业文凭,毕业考试也需由圣托马斯大学的教授监督进行。
菲律宾圣托马斯大学(University of Santo Tomas)还拥有多家国家级教学科研机构,出版社1家,附属医院1家,高速计算机网络将各院系联为一体。 现有全日制在校学生1万5千人,其中包括来自世界各地近30个国家的留学生800多人。
今天的菲律宾圣托马斯大学(University of Santo Tomas)已经成为培养高素质人才的摇篮、科学研究的基地和国际交流的重要桥梁。
以严格的管理和高水平的教学闻名的圣托马斯大学,在近400年的办学过程中,培养了一大批杰出人才。其中很多人改变了菲律宾国家的命运,如菲律宾国父Jose Rizal ,独立元勋Emilio Jacinto等 ,四任菲律宾总统:Manuel Luis Quezon, Sergio Osmeña, Jose P. Laurel 和 Diosdado Macapagal。
菲律宾圣托马斯大学(University of Santo Tomas)开设有本科,专科,研究生,博士生专业,如药学系、艺术学、工程学、教育学、建筑学、护士学、音乐学、会计学、商学、修复科学、体育教育学、旅游管理学、食品和旅馆管理、市营销、人力资源管理、社会学工商管理学、哲学、数学、政治学和心理学等。