但在1995年和1998年间,中、菲两国两次爆发美济礁冲突。一来因为自身军事实力比较弱小,二来对南海局势较为担心,因此1990年代末,菲律宾重新加强了与美国的军事联系。在此种背景下,菲、美两国签订了《菲美部队访问协定》(Philippines–United States Visiting ForcesAgreement,1999年5月27日签署),为美军重新在菲律宾的部署提供了想象空间。
2014年,在阿基诺三世总统执政期间,因为黄岩岛冲突,菲、美两国又进一步签署了《加强防卫合作协议》(Enhanced Defense Cooperation Agreement),允许美军在菲律宾建立临时性的军事基地——他们称之为“轮换军事基地”(Rotation Military Base)。相对于“永久性基地”这个概念,“轮换军事基地”是临时性的、阶段性的,它的驻军规模要小一些,而且这些基地的产权是属于菲律宾政府的。而且直到杜特尔特任期届满,美军并未实质上使用这些军事基地。